25 лет тому назад было положено начало реорганизации управления исполнительной власти на территории района в постсоветский период (по архивным документам). На основании Указа Президента РСФСР от 25 ноября 1991 года №239 «О порядке назначения глав администраций» началась реорганизация органов управления исполнительной власти местных Советов. Глава администрации Балахнинского района был назначен распоряжением главы администрации Нижегородской области от 16.12.1991г. В решении малого Совета Балахнинского городского Совета народных депутатов от 17.12.1991г. №1 и в постановлении исполняющего обязанности главы администрации Балахнинского района №1 от этого же числа говорится, что полномочия исполкома горсовета как коллегиального органа управления народным хозяйством Балахнинского района с 17 декабря 1991 года прекращены; исполняющий обязанности главы администрации Балахнинского района является юридическим лицом и правопреемником исполкома городского Совета народных депутатов. С этого числа функции органа исполнительной власти на территории района стала исполнять администрация.
26 февраля 1992 года на заседании сессии Балахнинского горсовета 21-го созыва была утверждена структура администрации района, в которую вошли: мэр города, вице-мэр; отделы - экономики, прогнозирования и предпринимательства; финансовый, коммерции и торговли; коммунального хозяйства и инфраструктуры; строительства и архитектуры; занятости и социальной защиты населения; народного образования, спорта и туризма; по вопросам культуры; комитет по управлению имуществом; внутренних дел, загс, архив, управление делами.
На основании Указа Президента России от 26.10.1993г. №1760 «О реформе местного самоуправления в Российской Федерации», постановлением администрации Нижегородской области от 29 октября 1993 года №169 деятельность Балахнинского городского Совета народных депутатов на территории г. Балахны и района была прекращена. Функции городского Совета были возложены на администрацию Балахнинского района. В соответствии с Конституцией РФ, постановлением главы администрации Балахнинского района от 13.04.1994г. №25 было сформировано 19 мая 1994 года Земское собрание Балахнинского района – постоянно действующий представительный орган местного самоуправления Балахнинского района.
В соответствии с законом Нижегородской области от 06.05.2005г. №41-З «О наименованиях органов местного самоуправления муниципальных образований в Нижегородской области», решением Земского собрания Балахнинского района от 23 июня 2005 года №717 администрация Балахнинского района переименована в администрацию Балахнинского муниципального района Нижегородской области. Устав Балахнинского муниципального района принят 17 июня 2005 года.
